W 1932 roku Mauchly uzyskał tytuł doktora fizyki na Uniwersytecie Johna Hopkinsa. W 1941 roku Mauchly poznał Eckerta na Uniwersytecie Pensylwanii. W 1943 roku armia zleciła Szkole Moore'a opracowanie komputera ENIAC do obliczania tabel strzeleckich artylerii. ENIAC wykonywał 5000 dodawań lub 357 mnożeń na sekundę. ENIAC był tysiąc razy szybszy od dotychczasowych rozwiązań. Początkowo programowanie ENIAC-a odbywało się za pomocą kabli połączeniowych i przełączników. W 1944 roku Mauchly i Eckert zaplanowali komputer EDVAC z programami zapisanymi w pamięci. Raport Von Neumanna dotyczący EDVAC pominął zasługi Mauchly'ego i Eckerta. W 1947 roku powstała firma Eckert-Mauchly Corporation, pierwsza firma komputerowa. Korporacja zbudowała BINAC i UNIVAC I, pierwszy komercyjny komputer w USA. Mauchly stworzył Short Code, pierwszy używany język programowania w 1949 roku. Patent ENIAC został unieważniony w 1973 roku z powodu wcześniejszego ujawnienia i komputera Atanasoffa-Berry'ego. Mauchly opracował metodę ścieżki krytycznej do planowania budowy. Mauchly był pochodzenia niemieckiego, ale nie mówił po niemiecku. W 1948 roku Mauchly poślubił programistkę ENIAC, Kay McNulty.