W Khoesan (San, !Kung) i pigmejach (Biaka, Mbuti): Silniejszy sygnał (do 19%), z archaicznymi haplotype'ami podobnymi do Homo erectus lub Homo habilis. Na przykład, badania z 2019 r. wykazały co najmniej jedno wydarzenie admiksji w Southern Africa, z wariantami o dywergencji sugerującej separację linii ~1 mln lat temu. Archaiczne warianty to fragmenty DNA, które wykazują wysoką dywergencję (różnice sekwencyjne) w porównaniu do typowego genomu Homo sapiens, wskazując na introgression (przenikanie genów) od odrębnych linii ewolucyjnych. Nie są to specyficzne "geny" w sensie kodujących białka, ale raczej bloki haplotype'ów (zestawy alleli na chromosomach), które przetrwały w genomie