Obecna struktura populacji afrykańskiej sięga etapu izotopów morskich 5. Najwcześniejsze rozdzielenie się współczesnych populacji afrykańskich miało miejsce 120 000–135 000 lat temu. Rozdzielenie to poprzedził przepływ genów między dwiema lub więcej słabo zróżnicowanymi populacjami przodków rodzaju Homo trwający setki tysięcy lat. Modele słabo zróżnicowanych populacji macierzystych wyjaśniają wzorce polimorfizmu, które wcześniej przypisywano archaicznym homininom w Afryce. Odrzucono archaiczne modele introgresji. Współistnienie populacji przodków pozwala przewidywać występowanie genetycznie i morfologicznie podobnych skamieniałości. Zaledwie 1–4% zróżnicowania genetycznego wśród współczesnych ludzi wynika z dryfu genetycznego między populacjami macierzystymi. Zsekwencjonowano genomy Nama Khoe-San pochodzące od 44 osób z południowej Afryki. Wywnioskowano o historii sieciowej populacji wschodniej, zachodniej i południowej Afryki. Błędna specyfikacja modelu wyjaśnia rozbieżności w wcześniejszych szacunkach dotyczących czasu rozdzielenia się populacji.