W ciągu ostatnich 7000 lat populacje nadbrzeżne przyjęły haplotypy pochodzenia euroazjatyckiego. Mieszkańcy wschodniej i południowej części obszaru, gdzie mówi się językami z rodziny niger-kongo, mają wspólnych przodków z regionu środkowo-zachodniej Afryki, co wynika z niedawnych ekspansji. Większość grup z Afryki Subsaharyjskiej ma przodków spoza swoich regionów geograficznych, co wynika z przepływu genów w ciągu ostatnich 4000 lat. Grupy etniczne z Gambii i Mali wymieszały przodków z Afryki Zachodniej, Europy i Azji około 2000 lat temu. Ekspansja Bantu rozprzestrzeniła geny środkowo-zachodnioafrykańskie na południe i wschód. 83% grup afrykańskich wykazuje ślady mieszania genetycznego na podstawie statystyki f3. Mieszanie genetyczne z Eurazją jest niedawne u Fulani i mieszkańców Afryki Wschodniej (w ciągu 1,5 tys. lat), starsze (2–5 tys. lat) u Etiopczyków, a bardzo stare (>7,5 tys. lat) u Jorubów. Pochodzenie łowców-zbieraczy jest powszechne, w tym starożytne pochodzenie Khoesan u Igbo oraz niedawne u mieszkańców wschodniej i południowej Afryki. PC1 oddziela południowych Khoesan od reszty Afryki. PC2 oddziela Niger-Kongo od Afroazjatyckich/Nilo-Saharyjskich. PC3 tworzy gradient od zachodu do wschodu wśród użytkowników języków Niger-Kongo. Haplotypowa TVD w Afryce odpowiada różnicom między Europą a Azją pomimo niskiego FST. Mieszkańcy Afryki Zachodniej ulegli mieszaniu z eurasjatyckimi źródłami w ciągu ostatnich 4 tys. lat. Mieszkańcy Afryki Wschodniej posługujący się językami niger-kongo ulegli wymieszaniu z populacjami eurazjatyckimi oraz zachodnimi niger-kongo w ciągu ostatnich 1–4 tys. lat. Południowi Khoesanie wykazują niedawne pochodzenie z regionu środkowo-zachodniej Afryki. Wszystkie populacje afrykańskie są wynikiem historycznych procesów wymieszania.