W 2017 r. mumie z Abusir el-Meleq wykazały 6–15% pochodzenia subsaharyjskiego, w porównaniu z 14–21% u współczesnych Egipcjan. Współcześni Egipcjanie posiadają o 8% więcej afrykańskiego pochodzenia z ostatnich 2000 lat. Starożytni Egipcjanie wykazywali większe podobieństwo do mieszkańców Bliskiego Wschodu i Europejczyków niż ich współcześni potomkowie. Ramzes III i jego syn posiadali haplogrupę E1b1a, najczęściej występującą w populacjach zachodnioafrykańskich. Rodzina Tutanchamona posiadała Y-DNA R1b, powszechne w Europie i wśród współczesnych Egipcjan. Nakht-Ankh i Khnum-Nakht mieli mtDNA M1a1, co potwierdza afrykańskie pochodzenie matczyne. Djehutynakht z Górnego Egiptu posiadał europejskie mtDNA U5b2b5. Mężczyzna z Nuwayrat z okresu Starego Państwa pochodził w 77,6% z neolitycznego Maroka i Lewantu oraz w 22,4% z Mezopotamii. Mężczyzna z Nuwayrat nie miał znaczącego pochodzenia subsaharyjskiego, jak Mota z Etiopii. Współcześni Egipcjanie mają dominujące haplogrupy Y pochodzenia euroazjatyckiego (59%) w porównaniu z subsaharyjskimi (3,4%). Dominująca w Egipcie haplogrupa E1b1b pochodzi z północno-wschodniej Afryki. Starożytni Egipcjanie mieli wspólne haplogrupy z ludami afrykańsko-azjatyckimi w Afryce Północnej i na Bliskim Wschodzie. Krytycy zwracają uwagę na ograniczenia związane z badaniem tylko jednego stanowiska, ale wyniki wskazują na niski udział pochodzenia subsaharyjskiego u starożytnych mieszkańców północnego Egiptu. Współcześni mieszkańcy Górnego Egiptu zachowali wyższy udział M1, podobnie jak Etiopczycy. Egipscy muzułmanie i chrześcijanie mają wspólnych przodków genetycznych.