Haplogrupa E – TMRCA 57 tys. lat temu w Afryce Subsaharyjskiej. E-M215 powstała 39 tys. lat temu we wschodniej Afryce. E-M35 powstała 25 tys. lat temu we wschodniej Afryce. Klad E-V1515 powstał 12 tys. lat temu w północnej części Rogu Afryki. E-V1515 stanowi połowę chromosomów E-M35 występujących w Rogu Afryki. Różnorodność E-V1515 osiąga szczyt w Erytrei i północnej Etiopii. Podklady E-V1515 rozprzestrzeniły się na południe do Kenii i Tanzanii. Podklad E-M293 rozprzestrzenił się na południową Afrykę 3,5 tys. lat temu. Wzorzec ten pokrywa się z udomowieniem bydła w północno-wschodniej części kontynentu 10 tys. lat temu. Pokrywa się również z przemieszczaniem się pasterzy na wyżyny Etiopii 4 tys. lat temu. Pokrywa się z ekspansją pasterską w regionie okołorównikowym po 3 tys. lat temu. E-V1486 występuje często wśród pasterzy z Kenii i Tanzanii. E-V1700 występuje często wśród pasterzy z Ragu. Rozkład jest zbieżny z mutacjami odpowiedzialnymi za trwałość laktazy C-14010 i G-13907. E-V1515 oznacza wieloetapowe rozprzestrzenianie się pasterzy. Wszystkie dawne E-M35* są teraz przypisane do gałęzi E-V1515. Filogeneza E zawęża najgłębsze rozgałęzienie do E-V3725 i E-M75. Filogeografia potwierdza, że Afryka Wschodnia jest miejscem pochodzenia E-M35. Nowe SNP wzmacniają kryminalistyczne markery pochodzenia dla Afryki.