Stwierdzamy, że większość alleli ryzyka chorób z badań asocjacyjnych w całym genomie podąża za oczekiwanymi wzorcami rozbieżności między Europą a Afryką Północną, z głównym wyjątkiem stwardnienia rozsianego. Różnorodność genetyczna człowieka w południowej Europie jest wyższa niż w innych regionach kontynentu. Różnicę tę przypisuje się ekspansjom polodowcowym, demicznej dyfuzji rolnictwa z Bliskiego Wschodu i przepływowi genów z Afryki. Wykorzystując dane SNP od 2099 osób w 43 populacjach, wykazujemy, że szacunki niedawnego wspólnego pochodzenia między Europą a Afryką są znacznie wyższe, gdy bierze się pod uwagę przepływ genów od mieszkańców Afryki Północnej, a nie Afryki Subsaharyjskiej. Gradient pochodzenia północnoafrykańskiego odpowiada wcześniejszym obserwacjom niskiego poziomu współdzielenia z Afryką Subsaharyjską i jest niezależny od niedawnego przepływu genów z Bliskiego Wschodu. Źródło różnorodności genetycznej w południowej Europie ma ważne implikacje biomedyczne: stwierdzamy, że większość alleli ryzyka chorób z badań asocjacyjnych w całym genomie podąża za oczekiwanymi wzorcami rozbieżności między Europą a Afryką Północną, z głównym wyjątkiem stwardnienia rozsianego.