Badanie opublikowane w American Journal of Human Genetics dostarcza mocnych dowodów na to, że przodkowie współczesnych populacji Afryki Subsaharyjskiej krzyżowali się z nieznaną, wymarłą linią archaicznych ludzi. Zespół pod kierunkiem Jeffreya Walla (Uniwersytet Kalifornijski w San Francisco) przeanalizował dane genomowe 1667 osób z całego świata, pochodzące z projektu GenomeAsia 100K. Zamiast bezpośredniego porównania z genomami neandertalczyków czy denisowian, zastosowano metodę opartą na analizie nierównowagi sprzężeń (LD), by wykryć długie, wysoce zróżnicowane haplotypy – potencjalne ślady archaicznej introgresji, nazwane „putative ghost haplotypes” (PGHs). W wyniku analiz zidentyfikowano 2319 takich haplotypów, z których znacznie więcej – średnio od 5 do 15 razy – występowało u osób z Afryki Subsaharyjskiej niż u nie-Afrykanów. Co istotne, liczba ta była większa, niż przewidywały symulacje komputerowe. Najwięcej PGHs odnotowano u przedstawicieli populacji Khoe-San, co wskazuje, że do introgresji doszło najpierw w ich przodkach, a następnie komponent archaiczny rozprzestrzenił się na inne grupy afrykańskie (m.in. Pigmejów oraz populacje zachodniej, wschodniej i północnej Afryki). Autorzy zaznaczają jednak, że ich metoda nie pozwala jednoznacznie oddzielić wpływu dawnych struktur populacyjnych od rzeczywistego krzyżowania się z archaicznymi ludźmi – konieczne będą dalsze analizy genomów z Afryki Centralnej i Południowej. Jednocześnie badacze nie potwierdzili wcześniejszych doniesień o obecności śladów archaicznej introgresji u mieszkańców Andamanów czy wyspy Flores (gdzie żył Homo floresiensis), mimo głębokiego próbkowania tych populacji. PGHs występowały głównie poza regionami kodującymi i były najpewniej usuwane przez dobór negatywny – co potwierdza wcześniejsze ustalenia, że archaiczne DNA (np. neandertalskie) może być szkodliwe dla współczesnych ludzi i powiązane z wieloma chorobami.